2000年6月26日午後6時半すぎ、突然、三宅島で群発地震の発生がはじまりました。過去には地震発生の2時間後に噴火している例もあることから、気象庁では、噴火の恐れが高いとして午後7時33分「緊急火山情報」を出し、警戒を呼びかけました。朝までには、三宅島の、坪田、三池、阿古、伊ケ谷地区の住民が、北の大久保地区に避難しました。27日午前0時30分の記者会見では、「数時間以内に噴火の可能性が強い」という見解が発表され、徹夜の警戒が行われました。幸いにも、危惧された山腹割れ目噴火は発生しませんでした。そして、6月27日の午前9時頃、三宅島西方約1kmの地点で、海底噴火が発生しました。
また、阿古から伊ケ谷にかけて、東西方向の地割が複数確認され、海岸の崖では数箇所のがけ崩れも確認されました。傾斜計やGPSの観測からも、今回マグマが貫入したことは間違いないと思われます。
その後、三宅島の西の海域で群発地震が発生し、その位置は時間とともに西北西方向に移動していきました。そして、7月1日の午後4時すぎ、神津島付近でM6.4の最大の地震が発生し、神津島では震度6弱を観測しました。そのため、多数の崩壊が発生、1名の方が亡くなる災害が発生しました。
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